Die Fakultät Mathematik und Naturwissenschaften besteht derzeit aus fünf Instituten sowie zugehörigen Institutionen:

• Institut für Chemie
  
  • Exzellenzcluster
  • "Unifying Systems in Catalysis"

• Institut für Mathematik
  
  • Exzellenzcluster
  • MATH+ Berlin Mathematics Research Center
  • Graduiertenschule
    BERLIN MATHEMATICAL SCHOOL (BMS)
    
  • DFG Forschungszentrum MATHEON
  • Einstein Zentrum Mathematik (ECMath)

• Physikalische Institute
  
  • Institut für Festkörperphysik
  • Institut für Optik und Atomare Physik
  • Institut für Theoretische Physik
  • Zentrum für Astronomie und Astrophysik